Добрый день, могут возникать проблемы, связанные с выбором налогового режима. Например, если ООО работает на общей системе налогообложения, и ему нужен вычет по НДС, а вы при этом работаете на спецрежиме и не можете ему этот вычет предоставить. Подробнее про НДС читайте здесь https://www.regberry.ru/nalogooblozhenie/nds
Другая проблема - когда ООО оформляет своих работников, как ИП, и этим экономит на выплате взносов. Хотя это прямо не запрещено, но налоговые органы видят в этом серую налоговую схему. Подробнее читайте здесь https://www.regberry.ru/malyy-biznes/trudovye-otnosheniya-kak-oformit-pe... То есть, надо следить, чтобы в вашем договоре с ООО не было признаков трудовых отношений.