Организация на УСН - это отдельное юридическое лицо, и система налогообложения учредителя не может влиять на ее налоговый режим. Организация на УСН может выставить счет-фактуру с НДС, тогда придется заплатить этот налог, но вычет по НСД упрощенец получить не может. Рекомендуем получить бесплатную консультацию по вашему вопросу https://www.regberry.ru/Besplatnaya-konsultatsiya-po-nalogooblozheniyu