Здравствуйте, согласно статье 346.45 НК РФ, подавать можно в любую ФНС муниципального образования.

"В случае, если индивидуальный предприниматель планирует осуществлять предпринимательскую деятельность на основе патента (за исключением патентов на осуществление видов предпринимательской деятельности, указанных в подпунктах 10, 11, 32, 33 и подпункте 46 (в части, касающейся развозной и разносной розничной торговли) пункта 2 статьи 346.43 настоящего Кодекса) на территории, которая определена законом субъекта Российской Федерации в соответствии с подпунктом 1.1 пункта 8 статьи 346.43 настоящего Кодекса и на которой он не состоит на учете в налоговом органе по месту жительства или в качестве налогоплательщика, применяющего патентную систему налогообложения, указанное заявление подается в любой территориальный налоговый орган по месту планируемого осуществления указанным индивидуальным предпринимателем предпринимательской деятельности".

Территория, которая определена законом субъекта Российской Федерации в соответствии с подпунктом 1.1 пункта 8 статьи 346.43 - это муниципальные образования (группы муниципальных образований). В частности, по Москве три таких группы муниципальных образований, и на их территории действуют разные размеры потенциального годового дохода для патента. См. ЗАКОН МОСКВЫ от 19.11.2014 № 52. Исходя из этого, по столице надо подавать в любую ФНС внутри выбранного муниципального образования.