Здравствуйте, непростая у вас ситуация оказалась.

Статья 346.45 НК РФ устанавливает такую норму:
"В случае, если физическое лицо планирует со дня его государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя осуществлять предпринимательскую деятельность на основе патента в субъекте Российской Федерации, на территории которого такое лицо состоит на учете в налоговом органе по месту жительства, заявление на получение патента подается одновременно с документами, представляемыми при государственной регистрации физического лица в качестве индивидуального предпринимателя. В этом случае действие патента, выданного индивидуальному предпринимателю, начинается со дня его государственной регистрации". Для ПНС территорию субъекта Российской Федерации делят по муниципальным образованиям (группам муниципальных образований), это статья 346.43 . Тогда получается, что отказ в выдаче патента при регистрации ИП вызван тем, что вы подали заявление в ФНС не того муниципального округа, где собираетесь работать.
Но вот второе заявление они обязаны принять именно в муниципальном образовании по месту деятельности, поэтому вам надо подавать его в ЦАО.