Здравствуйте, к сожалению, вы поспешили с уплатой всей суммы взносов. В налоговой вам сказали правильно. Из квартального налога ЕНВД можно вычесть только ту сумму, которая уплачена в том же квартале. И вообще - возможность вычесть сумму взносов из налога - это льгота, которой можно воспользоваться или не воспользоваться. Вы воспользовались ею не совсем правильно, поэтому можете уменьшить только налог за первый квартал.
По итогам года ЕНВД не пересчитывают, т.к. по этому налогу налоговый период - квартал, а не год, как на УСН.
Подавать уточненную декларацию нет смысла, т.к. вы не можете изменить тот факт, что вся сумма взносов уже уплачена. Но если вы будете еще платить дополнительные взносы (1% от доходов свыше 300 тыс рублей), то их вы учесть можете. Правило такое - квартальный ЕНВД можно уменьшить только на сумму взносов, перечисленных в этом же квартале.