Здравствуйте, если есть трудовой договор, то зарплата выплачиваться должна, но на какое-то время директор может быть отправлен в отпуск без содержания. При этом надо следить, чтобы по документам трудовая функция им не выполнялась, иначе можно получить обвинение в принудительном труде в отношении директора. В целом, такое положение считают нарушением, когда хотят фирму наказать, потому что есть случаи, когда директор не получает зарплату годами и ничего. Как вариант - можно перевести директора на неполную ставку.
ООО должно вести бухучет с момента создания, поэтому выплата зарплаты должна оформляться соответствующими проводками и документами.
Если вам нужны бухуслуги, вы можете получить бесплатный тестовый период у наших партнеров https://www.regberry.ru/Besplatnoe-buhgalterskoe-obsluzhivaniya-ot-1C