Здравствуйте, отчетность по УСН одна - декларация по итогам года. Если генеральный директор является единственным учредителем, то трудовой договор с ним можно не заключать, подробности здесь https://www.regberry.ru/faq/osnovnye-opredeleniya/rukovoditel/edinstvenn...
В противном случае - договор надо заключать с момента регистрации ООО и, соответственно, сдавать ежеквартальную отчетность по работникам. Кроме того, ООО обязано вести бухучет, поэтому по итогам года надо сдать годовую бухгалтерскую отчетность. Так что, вы пока не нарушили никаких сроков отчетности.