Могу ли я использовать БСО при продажах в интернет магазине?

Здравствуйте, БСО выдают только при оказании услуг населению, в вашем случае происходит торговля, поэтому, однозначно - не можете. Если интернет-магазин принимает наличную оплату, то обязательна выдача кассового чека https://www.regberry.ru/malyy-biznes/internet-magazin
Но если в вашем случае происходит только оплата на карту, то это безналичные расчеты в виде эквайринга. Кассовый чек в этом случае не выдается, деньги поступают на ваш счет, привязанный к карте. https://www.regberry.ru/malyy-biznes/ekvajring